依托仙湖优越的地理环境、高水平的专家学者和数量庞大的志愿者队伍，结合深圳自然学校课程、古生物博物馆、植物专类园、科普场馆、标本馆、实验室、图书馆，开设了内容丰富的自然教育课程。多年来持续举办“三点一刻”系列学术讲座，鼓励青少年和社会大众走进自然、走近科学，感知生物多样性，在提供青少年科普教育方面越来越具影响。仙湖植物园也成为本地和广州、香港相关大专院校的实习基地，包括香港浸会大学、香港中文大学、中山大学、华南农业大学、深圳大学、深圳中学和深圳市莲南小学等，还先后被授予“全国青少年科技教育基地”（2002年）、“全国科普教育基地”（2006年）、“广东省科普教育基地”（2020-2024年）、“深圳市十佳科普基地”（2017年）和“深圳市自然教育中心”（2017年）等称号。
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