仙湖植物园依托高水平的专家队伍、丰富的物种收集和完善的基础设施，定期开展形式多样的科普教育活动，多年来持续举办“三点一刻”系列学术讲座，鼓励青少年和社会大众走进自然、走近科学，感知生物多样性。打造国家级自然学校，设立了完整的志愿者培训课程体系，开发了一套自然教育读本，组建了一支124位志愿者构成的队伍，形成仙湖植物园全国科普日和科普讲解导赏等具有影响力的品牌，2023年启动深圳市“植物园进校园”项目，截至2025年底已与130所学校签约。同时，仙湖植物园是粤港澳大湾区多所高校的实习基地，也是深圳市中小学校外科普教育基地。仙湖植物园先后获授“全国青少年科技教育基地”、“全国科普教育基地”、“广东省科普教育基地”、“深圳市十佳科普基地”和“深圳市自然教育中心”等称号。
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